聽完了呂琦的緊急報(bào)告，朱由檢臉上原本輕松的神情頓時(shí)收斂了起來，不過他看起來倒也并不怎么緊張。
“秦夫人的報(bào)告在什么地方？”朱由檢略略沉默了一會(huì)，便開口向呂琦詢問道。
呂琦趕緊把緊緊捏在手中的奏章送到了崇禎的案前。
朱由檢仔細(xì)的把秦良玉、尤世威署名的奏章看了一遍，事情果然同呂琦所說的差不多。他隨即又翻看起了，同奏章放在一起的尤世威、徐應(yīng)元兩人送上來的密折。
尤世威、徐應(yīng)元兩人抵達(dá)重慶后，向一干被召集來的四川將領(lǐng)宣布了，朝廷要設(shè)立西南都督府的決定。隨后，徐應(yīng)元又宣布了對馬千乘的追封和秦良玉的封侯，及由秦良玉擔(dān)任西南都督府左都督，貴州、四川總兵及尤世威擔(dān)任其副手的命令。
世襲石砫宣撫使是一個(gè)土司職位，雖然馬千乘、秦良玉對朝廷忠心耿耿，又因?yàn)轲堄律茟?zhàn)而深得明軍中將士們的欽佩。但是讓一名土司掌握西南兩省軍隊(duì)的最高指揮權(quán)，這還是大明立國以來的第一次。
在播州、永寧、水西土司相繼叛亂，漢人將領(lǐng)對西南土司最為不信任的時(shí)刻，朝廷頒發(fā)的這個(gè)命令，自然就引起了四川漢人將領(lǐng)的不滿。特別是現(xiàn)任四川總兵侯良柱，他是前任四川總兵官李維新的副手。
永寧土司奢崇明叛亂時(shí)，四川兵馬連戰(zhàn)連敗，唯有秦良玉調(diào)度有方，連續(xù)挫敗叛軍，控制住了時(shí)局。因?yàn)樗拇鬈娫谄脚褢?zhàn)爭中的表現(xiàn)，時(shí)任四川總兵官的李維新被秦良玉彈劾，導(dǎo)致他被天啟申斥后不得不去職。
這件事使得四川明軍同秦良玉率領(lǐng)的石柱土司之間產(chǎn)生了間隙，而其弟秦邦屏不久后在陸廣做戰(zhàn)中戰(zhàn)死沙場，也未嘗沒有接應(yīng)的明軍消極避戰(zhàn)的因素。當(dāng)侯良柱接任四川總兵官后，隨著平叛戰(zhàn)爭形勢的好轉(zhuǎn)，就把石柱土司兵給閑置到了后方。
侯良柱并不反對朝廷設(shè)立西南都督府的決定，但是他不能接受由秦良玉來擔(dān)任西南都督府左都督，領(lǐng)導(dǎo)貴州、四川兩省的軍隊(duì)。
一來四川明軍和石柱土司之間存在著舊怨，二來則是侯良柱等一干明軍將領(lǐng)也實(shí)在不能接受，一位女子成為他們的上司。明軍畢竟不是土司兵，男尊女卑的社會(huì)觀念在這些明軍將領(lǐng)心里還是根深蒂固的。
原本游離在明軍體制之外的石柱土司，愿意讓一位女子擔(dān)任首領(lǐng)，明軍的將領(lǐng)并不會(huì)在意，畢竟這是西南少數(shù)民族不開化的表現(xiàn)。但是按照崇禎的命令，石柱土司顯然將會(huì)正式進(jìn)入到明軍的正式編制。
同饒勇善戰(zhàn)的石柱土司兵相比，四川明軍顯然要稍遜一籌，如果再被他們奪去了朝廷的資源，今后豈不是要讓這些明軍將領(lǐng)仰土司之鼻息，這個(gè)消息顯然讓四川明軍的將領(lǐng)產(chǎn)生了抵觸情緒。
而四川的文官系統(tǒng)同樣對此感到不滿，西南都督府的成立剝奪了他們對于軍隊(duì)的直接支配權(quán)力。這不僅讓他們失去了分享平亂戰(zhàn)功的機(jī)會(huì)，還讓他們在經(jīng)濟(jì)利益上受到了損失。不管是戰(zhàn)時(shí)的物資供給，還是戰(zhàn)后對叛亂土司的土地分配，這都存在著極大的經(jīng)濟(jì)利益。
但是在奢安之亂前，四川、貴州除了成都平原地區(qū)外，其他地區(qū)都是土司力量占據(jù)優(yōu)勢。朝廷主要是依仗著占據(jù)了川、黔地區(qū)的交通要道和最為平坦肥沃的平地丘陵地帶，把各家土司的地盤給分割開來，才在局部地區(qū)占據(jù)了優(yōu)勢。
奢安之亂后，四川、貴州的幾個(gè)大城市被叛軍屠戮一空，比如貴陽、重慶基本上就沒多少人幸存下來，因此兩省的縉紳勢力自然大減，只有成都平原的縉紳躲過了一劫。
奢崇明雖然之后被重整旗鼓的明軍打的連永寧老家都丟了，但是四川的縉紳也無法再如戰(zhàn)前一般牢牢的控制住地方了。
沒有了地方縉紳勢力的支持，四川的文官力量顯然就有些底氣不足了。他們之所以還能壓制住川、黔兩省的地方軍頭，一則是依靠朝廷的威望，二則是依賴于入川的陜軍和忠于朝廷的云南、四川大土司。
現(xiàn)在朝廷轉(zhuǎn)而支持四川最強(qiáng)大的石柱土司來對川、黔兩省的軍政進(jìn)行整頓，這些文官們除了一邊向朝廷中的同僚師友告急，另一方面便是自動(dòng)的聯(lián)合明軍將領(lǐng)，對西南都督府的成立進(jìn)行阻擾了。
西南都督府建立后，秦良玉聽從了尤世威和徐應(yīng)元的建議，沒有對川、黔兩省的明軍同時(shí)進(jìn)行整頓，她一邊向貴州的總兵官許成名示好，表示暫不對貴州明軍的軍制進(jìn)行變動(dòng)，又抽調(diào)了一部分貴州軍的底層將校進(jìn)入成都陸軍軍官學(xué)校學(xué)習(xí)，準(zhǔn)備大用，獲得了貴州明軍將領(lǐng)的支持。
之后秦良玉命副將秦永成對四川衛(wèi)所田地及重慶、永寧的土地進(jìn)行清丈，并責(zé)令部分侵占了以上大片土地的將領(lǐng)和官員退回田地，對于有主的土地發(fā)還原主，無主土地則一并對衛(wèi)所軍士、川、陜、石柱軍隊(duì)的士兵家屬進(jìn)行授田。